El papa Francisco tiene que afrontar importantes retos dentro de la Iglesia, como son una mayor colegialidad, la reforma de la curia, para hacerla más eficaz y transparente, y potenciar la nueva evangelización en un mundo cada vez secularizado.
El pontífice debe proseguir con el desarrollo del Concilio Vaticano II, que no está agotado, y potenciar el ecumenismo en aras de la unidad de los cristianos.
Debe afrontar, asimismo, los casos de clérigos pederastas, siguiendo las líneas de tolerancia cero adoptada por Benedicto XVI, la escasez de vocaciones, el celibato sacerdotal, una mayor presencia de la mujer en las instituciones de la Iglesia y la mejora de las relaciones con el Islam y, sobre todo, con los judíos.
En un mundo cada vez más secularizado, donde la religión, como denunció en numerosas ocasiones el papa Ratzinger, se pretende relegar al ámbito privado, el 266 sucesor de san Pedro tiene que trazar las líneas para recuperar ese espacio y contar con una mayor participación laica.
La descristianización de Occidente, sobre todo de Europa, llevó a Benedicto XVI a crear un dicasterio para la Nueva Evangelización y para ello convocó un sínodo de obispos.
El papa Francisco debe canalizar las propuestas de los prelados, entre ellas una catequesis adecuada y el uso de nuevos lenguajes para mostrar a Cristo.
La Iglesia que se encuentra tiene pendiente el asunto de la colegialidad, es decir la relación entre la Curia y los episcopados nacionales, uno de los puntos que quedaron sin resolver en el papado anterior.
Numerosos obispos consideran que hay que potenciar el gobierno común de la Iglesia y aumentar las atribuciones de las conferencias episcopales, mientras que en la curia vaticana son muchos los que piensan que debe prevalecer el Gobierno central de la Iglesia.
El camino hacia la colegialidad es largo y según el teólogo heterodoxo Hans Kung, Roma sigue exhibiendo una Iglesia fuerte, absolutista, que reúne en sus manos los poderes legislativos, ejecutivos y judicial, que no tiene en cuenta la universalidad de la misma.
La reforma de la curia romana es urgente, sobre todo tras estallar el escándalo Vatileaks, que desveló intrigas y enfrentamientos en la curia, y tras comprobarse como no funcionó cuando Benedicto XVI levantó la excomunión al obispo lefebvriano Richard Williamson, cuando era conocido su negacionismo del Holocausto, y él lo desconocía.
Otro punto es la escasez de vocaciones y la consiguiente disminución de sacerdotes. Cada día hay más parroquias sin sacerdotes y éstos tienen que cubrir varios pueblos.
Ante este problema, vuelve a surgir el asunto del celibato.
Benedicto XVI defendió el celibato sacerdotal y mantuvo cerradas las puertas del sacerdocio a los homosexuales, aunque concedió más dispensas que su predecesor a clérigos para que se casasen.
El papel de la mujer es otro punto pendiente. Benedicto XVI, como Juan Pablo II, resaltó en numerosas ocasiones la labor de la mujer, pero ahí quedó e insistió en que no puede ser ordenada sacerdote.
Visto que no parece que los tiempos estén maduros para el sacerdocio femenino, las mujeres exigen una mayor participación en las tareas de la parroquia, al igual que los laicos.
Otro problema pendiente es la admisión a los sacramentos de los católicos divorciados y que se han vuelto a casar.
Según el Consejo Pontificio para los Textos Legislativos esa prohibición es "ley divina", es decir que ni siquiera la Iglesia puede modificar.
La moral sexual es otro punto candente. La Iglesia es contraria a las relaciones prematrimoniales y al uso de anticonceptivos.También rechaza el uso de preservativos contra el sida y considera la homosexualidad como una desviación.
Las relaciones con el Islam sufrieron un retroceso con Benedicto XVI, tras recoger en un discurso la cita del emperador bizantino Manuel II Paleólogo "Mahoma no había traído nada novedoso excepto la orden de extender la fe mediante la espada".
Con los judíos las relaciones se deterioraron tras la decisión de Benedicto XVI de revocar la excomunión al obispo que niega el Holocausto judío, tras declarar "Venerable" -primer paso a la santidad- a Pío XII, al que acusan de haber callado ante el Holocausto, y la recuperación de la plegaria del Viernes Santo en la que se pedía, antes del Concilio Vaticano, la "conversión" de los judíos.
El papa Francisco debe proseguir, por expreso deseo de Benedicto XVI, las negociaciones con los lefebvrianos, que desataron un cisma en 1988, al ordenar a cuatro obispos sin el permiso del pontífice y que no reconocen el Concilio Vaticano II.
También tiene que seguir el camino de Benedicto XVI en defensa de la naturaleza. Ratzinger ha sido uno de los pontífices que ha mostrado mayor sensibilidad por la ecología, denunciando la erosión, la deforestación, el expolio de los recursos minerales y de los océanos.