Las quince universidades seleccionadas son las de Córdoba, Granada, Sevilla, Cantabria, Barcelona, Valencia, Santiago de Compostela y Oviedo, además de la Rovira y Virgili de Tarragona, la Pompeu Fabra y la Autónoma, ambas de Barcelona, y las madrileñas Complutense, Politécnica, Autónoma y Carlos III.
Al Programa Campus de Excelencia se habían presentado 42 de las 50 universidades públicas españolas, y 8 de las 27 universidades privadas.
Tras esta selección, en noviembre una comisión internacional de expertos decidirá qué proyectos reciben una financiación adicional para ser llevados a cabo durante el periodo 2009-2012.