Los obispos ya se pronunciaron sobre la asignatura de EpC en una nota con motivo de la Comisión Permanente de la CEE de 20 de junio de 2007. En ella, advierten de que EpC, tal como resulta articulada en los Reales Decretos, tiene como objetivo "la formación de la conciencia moral de los alumnos", algo que consideran "una lesión grave del derecho originario e inalienable de los padres y de la escuela, en colaboración con ellos, a elegir la formación moral que deseen para sus hijos".
En la nota también señalan que con la introducción de EpC "el Estado se arroga un papel de educador moral que no es propio de un Estado democrático de Derecho". "Hablamos de esta 'Educación para la ciudadanía'. Otra diferente, que no hubiera invadido el campo de la formación de la conciencia y se hubiera atenido, por ejemplo, a la explicación del ordenamiento constitucional y de las declaraciones universales de los derechos humanos, hubiera sido aceptable e incluso, tal vez, deseable", aseguran en el escrito.
Además, tal y como reza la nota, la implementación de esta materia causó "una creciente y comprensible preocupación en los padres de alumnos" y puso "en dificultades" a los centros educativos, concretamente, a los centros católicos o inspirados en la doctrina católica que se verían obligados por la Ley a introducir en su programación una asignatura que, según recuerdan los obispos, "no resulta coherente con su ideario, puesto que --según el actual currículo-- no es conforme con la Doctrina Social de la Iglesia, tanto por su carácter de formación estatal obligatoria de las conciencias como por sus contenidos".
Ante esta situación, los obispos españoles exhortaron a todos a "actuar de modo responsable y comprometido ante una asignatura inaceptable tanto en la forma como en el fondo" y señalaron que tanto padres como centros educativos disponían de "diversos medios concretos de actuación" aunque sin mencionar ninguno en particular. No obstante, remarcaban que "la gravedad de la situación" no permitía "posturas pasivas ni acomodaticias".