La decisión de la Audiencia Nacional de investigar a catorce miembros del Ejército de El Salvador por su presunta implicación en el asesinato de seis jesuitas y dos de sus empleadas en 1989 se produce casi veinte años después de la matanza. 

El crimen se produjo en la madrugada del 16 de noviembre de 1989, cuando un comando del Ejercito salvadoreño entró en la Universidad Centroamericana (UCA) de San Salvador y asesinó a tiros a cinco jesuitas españoles y a un religioso salvadoreño, además de a su cocinera y a la hija de ésta, de 17 años. 

Las víctimas fueron los españoles Ignacio Ellacuría –rector de la institución–, Amando López, Segundo Montes, Ignacio Martín Baró y Juan Ramon Moreno, el religioso salvadoreño Joaquín López y López, Elba Julia Ramos y Celina Ramos. 

Su asesinato coincidió con la mayor ofensiva miliar del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN) en los doce años en que se prolongó la guerra civil, y la guerrilla culpó a los “escuadrones de la muerte” mientras que el presidente Cristiani aseguró que la Justicia investigaría lo sucedido. 

Dos años después, en septiembre de 1991, nueve militares salvadoreños fueron juzgados como responsables del asesinato, aunque siete fueron absueltos y sólo dos (el coronel Guillermo Alfredo Benavides, director de la Escuela Militar, y el teniente coronel Yusshi René Mendoza) fueron condenados a 30 años de cárcel. 

Sin embargo, los acuerdos de paz suscritos por el Gobierno salvadoreño y el FMLN el 16 de enero de 1992, abrieron la puerta a nuevas investigaciones, al establecer la creación de una Comisión de la Verdad, integrada por personalidades nombradas por la ONU, para investigar crímenes políticos, que determinó que Benavides cumplió órdenes de altos cargos del Gobierno y el Ejército y que el asesinato fue planificado por el Estado Mayor Conjunto del Ejército. 

Benavides y Mendoza cumplieron sólo dieciocho meses de cárcel después del juicio, ya que se acogieron a una Ley de Amnistía aprobada por la Asamblea Legislativa salvadoreña en marzo de 1993. 

El caso despertó de nuevo en el año 2000 debido a que la Compañía de Jesús solicitó su reapertura a la Fiscalía General de El Salvador y pidió que Cristiani y el entonces ministro de Defensa, el general Rafael Humnero Larios, fueran enjuiciados por “omisión” al no haber impedido que se ejecutara el crimen. 

Además los religiosos pidieron el enjuiciamiento como autores del asesinato de los generales René Emilio Ponce, Inocente Montano, Rafael Bustillo, Francisco Elena Fuentes y Orlando Zepeda. 

Un juzgado de San Salvador archivó la causa en diciembre de 2001, decisión que fue ratificada en 2004 por la Corte Suprema, tras lo que en 2006 la Compañía de Jesús presentó el caso ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) de la Organización de Estados Americanos (OEA). 

El 13 de noviembre de 2008 la Asociación Pro Derechos Humanos de España (Apdhe), y el Centro de Justicia y Responsabilidad (CJA), con sede en San Francisco (EEUU), denunciaron ante la Audiencia Nacional española al ex presidente salvadoreño y a catorce miembros de su Ejército por su presunta implicación en el asesinato. 

Una denuncia ante la que la Compañía de Jesús consideró que debían ser las instancias nacionales las que hicieran justicia por el crimen, aunque mostró su respeto a las gestiones realizadas por tribunales internacionales. 

Finalmente, ayer el juez de la Audiencia Nacional Eloy Velasco ha admitido la querella presentada por la Apdhe contra esos catorce militares, a los que investigará por delitos de asesinatos terroristas y contra el derecho de gentes. 

La Asociación Apdhe considera que la decisión es “un paso adelante en la lucha contra la impunidad”.
Para Apdhe la decisión de Eloy Velasco complementa todos los esfuerzos de la sociedad salvadoreña para “el enjuiciamiento de los responsables de los horrendos crímenes cometidos en los años ochenta”.